npm 包 ensembl-rest-client 使用教程

前言

随着生物信息学的发展,在前端开发中常常需要使用相关的 npm 包来获取基因组数据。ensembl-rest-client 就是其中一个颇受好评的 npm 包,可以用来获取 ensembl 网站上的生物信息数据。在本文中,我们将探讨 ensembl-rest-client 的使用方法和一些使用示例。

安装

要使用 ensembl-rest-client,首先需要在你的项目中安装该 npm 包。可以使用以下命令来安装:

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安装后,我们就可以开始使用了。

API

在谈及如何使用 ensembl-rest-client 之前,我们需要先了解一下其 API。

ensembl-rest-client 暴露了一个 RestApiClient 类,该类在 ensembl-rest-client 的主模块中定义。该类有以下方法:

constructor(host, version)

constructor 方法可以用来创建一个 RestApiClient 对象。它接受两个参数:

  • host:表示要连接到的 ensembl 的主机名,例如 "rest.ensembl.org"。
  • version:表示要使用的版本号,例如 "v96"。

get(endpoint, query?, headers?)

get 方法可以用来发起 HTTP GET 请求。它接受以下参数:

  • endpoint:表示要请求的 ensembl API 的端点。
  • query:表示要发送的查询参数。这是一个可选参数。如果你需要发送查询参数,则应该传入一个普通对象,该对象中的属性将被转换为查询参数。
  • headers:表示要发送的 HTTP 头。这也是一个可选参数。如果你需要发送头,则应该传入一个普通对象,该对象中的属性将被转换为头。

post(endpoint, body?, headers?)

post 方法可以用来发起 HTTP POST 请求。它接受以下参数:

  • endpoint:表示要请求的 ensembl API 的端点。
  • body:表示要发送的 HTTP 实体主体。这是一个可选参数。如果你需要发送实体主体,则应该传入该主体(可以是一段字符串、一个普通对象等)。
  • headers:表示要发送的 HTTP 头。这也是一个可选参数。如果你需要发送头,则应该传入一个普通对象,该对象中的属性将被转换为头。

put(endpoint, body?, headers?)

put 方法可以用来发起 HTTP PUT 请求,它接受以下参数:

  • endpoint:表示要请求的 ensembl API 的端点。
  • body:表示要发送的 HTTP 实体主体。这是一个可选参数。如果你需要发送实体主体,则应该传入该主体(可以是一段字符串、一个普通对象等)。
  • headers:表示要发送的 HTTP 头。这也是一个可选参数。如果你需要发送头,则应该传入一个普通对象,该对象中的属性将被转换为头。

delete(endpoint, headers?)

delete 方法可以用来发起 HTTP DELETE 请求。它接受以下参数:

  • endpoint:表示要请求的 ensembl API 的端点。
  • headers:表示要发送的 HTTP 头。这也是一个可选参数。如果你需要发送头,则应该传入一个普通对象,该对象中的属性将被转换为头。

使用示例

现在我们已经了解了 ensembl-rest-client 的 API,下面让我们看一看如何使用该 npm 包。

获取基因数据

我们可以使用 get 方法来获取 ensembl 网站上的生物信息数据。以下是一个示例:

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  ---------- -- --------------------

在上面的代码中,我们使用了 get 方法来获取一个特定的基因的信息。我们向 get 方法传递了 endpoint /lookup/id/ENSG00000157764,表示我们要获取 ID 为 ENSG00000157764 的基因的详细信息。该方法返回一个 Promise,我们可以在 then 方法中访问返回的数据,也可以在 catch 方法中处理错误。

获取基因组序列

以下是一个示例,展示如何使用 ensembl-rest-client 来获取特定基因组上的 DNA 或蛋白质序列:

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在上面的代码中,我们使用了 get 方法来获取 ID 为 ENSG00000157764 的基因组的 DNA 序列。我们向 get 方法传递了 endpoint /sequence/id/ENSG00000157764,自定义了查询参数 content-type=text/plain;type=cds,这将迫使 API 返回蛋白质编码序列。

使用 POST 方法

使用 post 方法,我们可以向 ensembl API 提交一些数据并获得返回值。以下是一个示例,展示如何使用该方法来获取一个基因列表:

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  -
--

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在上面的代码中,我们使用了 post 方法来获取一组特定 ID 的基因的信息。我们向 post 方法传递了 endpoint /lookup/id,以及一个被包含在 body 中的 id 数组。该方法返回一个 Promise,我们可以在 then 方法中访问返回的数据,也可以在 catch 方法中处理错误。

结论

到这里,我们已经学习了 ensembl-rest-client 的基本使用方法和示例。该 npm 包提供了一种简便的方式来获取 ensembl 网站上的数据,这对于生物信息学等前端领域的开发非常有用。我希望这篇文章能够帮助读者更好地理解 ensembl-rest-client,并在实际项目中运用到该 npm 包。

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