在分子生物学领域,质粒图谱是科学家必不可少的工具。它们被用来展示基因的序列信息,以及它们在不同研究条件下的表达,甚至是功能。虽然许多科学家使用 Adobe Illustrator 或类似的工具来制作质粒图谱,但这些工具往往需要长时间的学习,且难以自动化。如果能有一个 Python 或 JavaScript 包,能够帮助科学家快速高效地制作质粒图谱,将是非常有益的。
现在,@chgibb/angularplasmid 正是这样的一个 npm 包(Github 仓库链接)。其灵感可能来自别的开源项目,例如 Jalview 或 Plasmid Editor,但是它是用 Angular + d3.js 制作的,同时具有很高的灵活性。
我们在这篇文章中将以一个样例来介绍如何使用本包,并解释它的内部细节。我们将制作一个 plasmid diagram(质粒图谱),用于展示:
质粒形状和暗示;
外部且可旋转的尺度线;
特定的 DNA 片段和序列;
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