简介
mi-sbgn 是一个 Node.js 模块,其作用是解析和生成 Systems Biology Graphical Notation (SBGN) 图形与结构数据。SBGN 是一种描述生物系统的图形化标识语言,模型可以包含由化合物、基因、基因产物等构成的复杂网络。
安装
使用 npm 进行全局安装或将其作为开发依赖:
npm install -g mi-sbgn
或
npm install --save-dev mi-sbgn
解析 SBGN
以下是一个解析 SBGN 图的 JavaScript 代码示例。
-- -------------------- ---- ------- ----- ------ - ------------------- --- ------- - ------ ------ -- ---- --- -- --- ------- - - -- ---- -- --- -------- - --------------------- --------- ----------------------
在以上代码中,变量 sbgnXML
存储了 SBGN XML 数据,变量 options
为解析选项。miSbgn.parse()
方法会将 SBGN XML 数据解析为 JSON 格式的数据,并将其存储在 sbgnJson
变量中。console.log()
方法用于在控制台输出 sbgnJson
。
生成 SBGN
以下是一个生成 SBGN 图的 JavaScript 代码示例。
-- -------------------- ---- ------- ----- ------ - ------------------- --- -------- - - -- ---- ---- -- -- --- ------- - - -- ---- -- --- ------- - ------------------------- --------- ---------------------
在以上代码中,变量 sbgnJson
存储了 SBGN JSON 数据,变量 options
为生成选项。miSbgn.generate()
方法会将 SBGN JSON 数据生成为 SBGN XML 数据,并将其存储在 sbgnXML
变量中。console.log()
方法用于在控制台输出 sbgnXML
。
示例
以下是一个使用 mi-sbgn 解析和生成 SBGN 图的完整示例。
-- -------------------- ---- ------- ----- ------ - ------------------- -- ---- --- -- --- ------- - - ----- ---- --- ------- -- -- ---- --- ------------ - - --------- ----- -- ---- ---------- ---- -- ------ -- -- ---- --- --------------- - - ------- ---------- -- ---- ------- - - -- ------ -- -- -- ---- --- -------- - --------------------- -------------- -- -- ---- ---- -- ------------------------------- - ---- ------- ----------------------------- - - ------ -- --------- ----- -- -- -- ---- --- ---------- - ------------------------- ----------------- ------------------------
在以上示例中,变量 sbgnXML
存储了 SBGN XML 数据,变量 parseOptions
和 generateOptions
分别为解析和生成的选项。使用 miSbgn.parse()
方法将 SBGN XML 数据解析为 JSON 格式的数据,并修改 JSON 数据。最后使用 miSbgn.generate()
方法将新的 JSON 数据生成为 SBGN XML 数据,并将其存储在 newSbgnXML
变量中。console.log()
方法用于在控制台输出 newSbgnXML
。
结论
mi-sbgn 是一个方便易用的 SBGN 解析和生成工具,能够帮助前端开发者减少 SBGN 数据处理方面的工作量。学会使用 mi-sbgn 不仅能提高开发效率,同时也能更好地理解和应用 SBGN 技术。
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