什么是gwas-credible-sets
gwas-credible-sets 是一个npm安装包,用于生成高通量的基因组关联分析中的可信集合(credible sets)。 它被广泛应用于决策分析、统计推断和模式预测。
gwas-credible-sets的安装
使用npm 来安装 gwas-credible-sets :
npm install gwas-credible-sets
gwas-credible-sets的使用
加载模块
首先,我们需要在应用程序中加载模块:
const credibleSets = require('gwas-credible-sets')
定义数据
接下来,我们需要定义我们的数据。例如,我们可以使用以下的数据
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这个数据集合有两个组,并且每个组都有15个点。我们可以使用这个数据集合来创建可信集合。
创建可信集合
使用gwas-credible-sets库中的 createCredibleSets 函数,我们可以 # 创建可信集合
const minProb = 0.95 const groups = new Set(data.map(d => d.group).values()) const coordinates = data.map(d => [d.x, d.y]) const credibleSets = {} for (const group of groups) { credibleSets[group] = createCredibleSets(coordinates.filter(([, , g]) => g === group), minProb) }
这将为我们的每个组创建一个可信集合。minProb用于定义一个突破点,它指的是突破面积的最低可信度。groups是由 data 中所有不同组的 ID 构成的 Set 对象。coordinates 定义向量的二维坐标。我们使用 coordinates.map 函数将输入数据转化为 [x,y] 向量的形式。
可信区间的绘制
我们可以使用以下代码,将可信区间绘制出来:
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在这个代码中,我们首先创建一个 SVG 元素,然后定义一系列函数和变量。接下来,我们调用 createCredibleSets 函数,然后绘制数据点和可信区间。最后,我们使用 d3.area() 函数绘制可信区间。
结论
gwas-credible-sets是一个用于生成高通量基因组关联分析的可信集合的npm库。该库可以帮助你对数据进行决策分析、模式预测和统计推断。使用该库非常简单,只需要定义数据并调用 createCredibleSets 函数即可。
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