简介
@mark.schroering/igv 是一个基于 JavaScript 的浏览器内的基因组可视化工具，可以让用户查看和分析基因组、基因区域和 DNA 序列等信息。它支持多种文件格式，包括 BED、BAM、VCF 和 FASTA 等。
安装
使用 npm 进行安装：
npm install @mark.schroering/igv
使用
在 HTML 页面中使用 @mark.schroering/igv：
-- -------------------- ---- -------
--------- -----
------
------
------- ----- -------------------------------------------------------------------
-------
------
---- -------------------
--------
----- ------ - -----------------------------------
----- ---------- - -
------- -------
------ ------------------------------
------- -
-
----- ------------
------- ------
---- --------------------
-------- -----
--
--
--
----- --- - ------------------------- ------------
---------
-------
-------上述代码可以让用户浏览基因组区域 chr17:75,000,000-75,100,000，并显示一组 BAM 文件格式的对齐数据。更多使用方式可以参考 @mark.schroering/igv 官方文档。
示例代码
下面是一个使用 @mark.schroering/igv 来显示一张 JBrowse 样品数据的示例。
-- -------------------- ---- -------
--------- -----
------
------
----- ----------------
-------------- ------- --------------
----- ---------------- -----------------------------------------------------------------------
------- -----------------------------------------------------
------- -----------------------------------------------------------------------------
------- ---------------------------------------------------------------------------------
-------
------
---- ------------
---- ------------------
---- -------------------
------
------
--------
----- ------ - -----------------------------------
----- ---------- - -
------- -------
------ ------------------------------
------------- --
------- -
-
---- -----------------------------------------------------------
----- ------------
----- ----- -----------
------- ------
--
-
---- --------------------------------------------------------------
----- ----------
----- ----- ----------
------- ------
--
-
---- -----------------------------------------------------
----- -------------
----- --------
------- -------
--
--
--
----- --- - ------------------------- ------------
---------
-------
-------上述代码可以让用户查看 chr17:75,600,000-76,400,000 区间的基因组信息，包括 BAM 文件、VCF 文件和 GFF3 文件等。用户可以使用鼠标移动以及缩放等操作来进行浏览和分析。
结语
@mark.schroering/igv 是一款非常好用的浏览器内基因组可视化工具，可以帮助用户查看和分析各种基因组数据。本文通过详细的示例代码和说明，希望能够帮助读者更好地理解和使用该工具，同时也希望读者可以通过使用该工具来更好地开展基因组数据分析工作。
来源：JavaScript中文网 ，转载请注明来源 https://www.javascriptcn.com/post/6005725881e8991b448e8767