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什么是 peyotl？

Peyotl 是一个用于处理生物分类学数据的 JavaScript 代码库。它可以帮助开发者方便地索引，检索和分析生物分类学数据。

要安装 peyotl，您需要有一个具有 npm 的 Node.js 环境。您可以从以下位置下载和安装 Node.js 环境：

在安装了 Node.js 环境后，可以使用以下命令轻松从 npm 下载和安装 peyotl：

npm install peyotl

在安装 peyotl 后，您可以直接将其导入您的项目中：

const peyotl = require('peyotl');

使用 peyotl 索引数据的方法如下：

const index = peyotl.createIndex('taxonomy.tre', 'taxonomy.tsv');

此处的 'taxonomy.tre'是您的新生物分类学数据的 Newick 树，而 'taxonomy.tsv'是与 Newick 树配对的分类信息表。要创建此信息表，请使用类似以下格式的文件：

id,name,parent_id
1,Life,0
2,Animalia,1
3,Chordata,2
4,Mammalia,3
...

以上文件表示 Animalia 是位于根节点下的一级节点，而其子节点 Chordata 是其的孙节点等等。

使用 peyotl 检索数据的方法如下：

const res = peyotl.search('Primates', index);

此处的 'Primates' 是您希望查找的分类信息的名称。该函数将返回一个包含匹配项及其所有祖先和后代的 JSON 对象。

使用 peyotl 分析分类数据的方法如下：

const stats = peyotl.statistics(index);

此函数将返回一个包含您索引的所有分类信息的统计信息，例如：

{
   "num_leaves": 4507182,
   "num_internal": 255296,
   "max_depth": 4790,
   ...
}

以上是 peyotl 使用教程的介绍和示例。如果您正在处理生物分类学数据，可能会发现 Peyotl 是一个非常有用的 npm 包。它提供了一种简单的方式来索引，检索和分析生物分类学数据。如果您还没有尝试过 peyotl，请花些时间了解它，您将会受益匪浅！

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