简介
NPM是一个包管理器，里面有很多开源的软件包。而cheminfo-tools是其中一个用于化学信息处理的 npm 包。它提供了很多化学信息处理相关的工具，如分子编辑、分子转换、统计图表、分析等。本文将介绍这个 npm 包的使用方法，帮助读者更好的掌握化学信息处理技术。
安装
首先，我们需要在电脑上安装 Node.js，这里我使用的是版本 14.15.4。在安装完成后，在终端（Windows 用户可在 CMD 或 PowerShell 中运行）中输入以下命令：
npm install cheminfo-tools
该命令会自动下载安装 cheminfo-tools 包和它的依赖项。这其中可能会有些慢，请耐心等待。
示例代码
-- -------------------- ---- ------- ----- - ------- - - -------------------------- ----- --- - ----------------------- ----- ------- - ------------------------------ ------------------------- -- -- - - - - - - - ---- ------- ------- -------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- -------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- -------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - -- - - - - ---- ------- ----- -------- - ---------------------------------- ----- ------ - ----------------- - ------- -------- --- -------------------- -- ---------
在代码中，我们使用了 cheminfo-tools 的 convert 函数将分子转换为 SMILES 格式输出。而为了使用 cheminfo-tools 中的其他函数，我们同样需要引用它们。例如：
const { molecularFormula } = require('cheminfo-tools');
const molfile = "IPBEPJDIDZCTIF-UHFFFAOYSA-N\n OpenBabel12162020133D\n\n 10 10 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000\n 12.1788 -10.3031 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n 13.4984 -9.7760 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n 14.0597 -10.5108 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n 12.0301 -9.0201 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n 11.4689 -10.0093 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n 10.4498 -9.8224 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n 14.5292 -9.1610 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n 13.9929 -8.7508 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n 15.3038 -9.6875 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n 10.0557 -9.3368 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n 1 2 1 0 0 0 0\n 2 3 1 0 0 0 0\n 2 4 1 0 0 0 0\n 4 5 1 0 0 0 0\n 5 6 1 0 0 0 0\n 5 1 1 0 0 0 0\n 4 8 2 0 0 0 0\n 3 7 1 0 0 0 0\n 7 9 1 0 0 0 0\n 6 10 1 0 0 0 0\nM END\n";
const molecule = ocl.Molecule.fromMolfile(molfile);
const formula = molecularFormula(molecule);
console.log(formula); // C7H14N3O在代码中，我们使用了 cheminfo-tools 的 molecularFormula 函数获取分子的分子式。
使用
接下来，我们来看一下 cheminfo-tools 包提供的其他功能：
分子编辑器
cheminfo-tools 包提供了很多关于分子编辑方面的工具。其中一个比较有用的工具是分子编辑器，它能够帮助我们快速画出分子结构，而不用手动输入所有的原子和键。我们可以使用以下命令来使用分子编辑器：
npx cheminfo-editor
使用该命令后，一个分子编辑的窗口将以图形化的形式展现在你的电脑屏幕上。你可以在窗口中直接画出需要处理的分子，编辑完成后按下 ctrl + S 即可保存该分子结构，保存后的分子结构信息可以存储为 mol、smiles、inchi 等多种格式。
绘制统计图表
cheminfo-tools 还可以用于绘制统计图表。其中一个常用的函数 drawHistogram 还能适用于柱状图的绘制，命令如下：
-- -------------------- ---- ------- ----- - ------------- - - ---------------------------------------- ----- ---- - --- -- -- -- -- -- -- -- -- ---- ----- ------- - - ------- -------- ------- ------------ ------ ---------- -- ----- -- ------------------- ---------
该命令将会绘制出一个柱状图。
分子转换
cheminfo-tools 还可以用于分子格式的转换。我们可以使用 convert 函数将一个分子格式转化成另一个。例如，我们可以将一个分子结构的 molfile 转换成 SMILES 格式：
-- -------------------- ---- ------- ----- - ------- - - -------------------------- ----- --- - ----------------------- ----- ------- - ------------------------------ ------------------------- -- -- - - - - - - - ---- ------- ------- -------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- -------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- -------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- ------- ------- ------ - - - - - - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - - - - - - --- - -- - - - - ---- ------- ----- -------- - ---------------------------------- ----- ------ - ----------------- - ------- -------- --- -------------------- -- ---------
本例中使用的 convert 函数将 molfile 转换成 SMILES 格式。通过 format 选项指定转换的格式。
总结
本文介绍了 cheminfo-tools npm 包的使用方法。我们学习了如何安装 cheminfo-tools、使用分子编辑器、绘制统计图表以及分子格式的转换等功能。这些工具和函数能够帮助化学信息处理的工程师和研究科学家更好的处理分析化学信息，提高工作效率。
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