R 语言中如何进行层次聚类?

推荐答案

在 R 语言中,可以使用 hclust() 函数进行层次聚类。以下是一个简单的示例代码:

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本题详细解读

1. 数据准备

首先,我们需要准备一个数据集。在这个示例中,我们使用 matrix() 函数生成一个 20 行 5 列的随机矩阵,模拟一个包含 20 个样本和 5 个特征的数据集。

2. 计算距离矩阵

层次聚类的第一步是计算样本之间的距离矩阵。在 R 中,可以使用 dist() 函数来计算距离矩阵。dist() 函数默认使用欧几里得距离,但你也可以通过 method 参数指定其他距离度量方法,如 "manhattan"、"maximum" 等。

3. 进行层次聚类

接下来,我们使用 hclust() 函数进行层次聚类。hclust() 函数的主要参数是距离矩阵和聚类方法。常见的聚类方法包括:

  • "complete":完全连接法(默认方法)
  • "single":单连接法
  • "average":平均连接法
  • "ward.D""ward.D2":Ward 方法

4. 绘制树状图

最后,我们可以使用 plot() 函数绘制层次聚类的树状图(dendrogram)。树状图可以帮助我们直观地理解聚类的层次结构。

5. 其他操作

除了绘制树状图,你还可以使用 cutree() 函数将层次聚类的结果切割成指定数量的簇。例如:

这将返回一个向量,表示每个样本所属的簇。

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